Seppo Alaja, teol.tri ja Eestin kirkon lapsi- ja nuorisotyöntekijöiden kurssin aikaan 1990 Pyhäkouluopiston rehtori, sai tämän kurssin kautta kosketuksen Eestin kirkon tilanteeseen ja työntekijäkoulutuksen tarpeisiin. Seppo opetteli eestinkielen ja siirtyi Kirkon Ulkomaanavun ja aluksi myös Järvenpään seurakunnan tuella työskentelemään Eestin kirkossa ja teologisen instituutin opettajana. Sepolla oli teologian tohtorina oikeus antaa yliopisto-opetusta ja ottaa vastaan tutkintosuorituksia. Hänen työpanoksensa oli äärettömän tärkeä Eestin itsenäistymisen vaiheessa, jolloin Eestin kirkossa kommunismin otteen ja pelon kadottua syntyi voimakas kiinnostus ja hakeutuminen kirkon ja seurakuntien yhteyteen. Työntekijöitä ei oltu pystytty kouluttamaan Neuvostoliiton vallan kautena. Silloin oli puute opettajista ja koulutuksesta. Tässä tilanteessa Seppo pystyi ratkaisevalla tavalla auttamaan naapurimaamme kirkkoa.

Seppo työskenteli ensin Teologisen instituutin pedagogisen osaston johtajana, lapsityön ja uskonnonopetuksen konsulttina,.

Kesällä 1992 hänet valittiin Teologisen instituutin rehtoriksi. Lisäksi hän hoiti seurakuntapapin tehtäviä Pärnun Elisabetin seurakunnassa.

Seppo työskenteli 3 viikkoa kuukaudessa Eestissä ja viikon Suomessa perheensä luona Järvenpäässä. Puolentoista vuoden intensiivisen työjakson jälkeen Seppo menehtyi liikenneonnettomuudessa Eestissä ajaessaan yöllä 14.11.1992 Tallinnasta kotiin Pärnuun ja törmäsi eestiläisen rekka-auton kanssa liukkaassa kelissä. 

Samalla matkalla käytiin Sepon kanssa tervehtimässä Hagerin srk:n kirkkoherraa Paul Saar'ia ja Srk-opiston kurssilla ollutta pyhäkoulusihteeri Liia Kaljuste'a. Kuva Hagerin kirkon puistossa. Hautausmaalla monet ristit oli katkaistu kommunistivallan aikana hautamuistomerkeistä.

Samalla matkalla poikkesimme Orvokin kurssilla olleen Marje Põderin perheen luona. Isä Andres oli silloin Pärnun Elisabetin seurakunnan kirkkoherra ja nykyisin Eestin kirkon arkkipiispa. Marje ilmoitti Järvenpäähän Sepon kuolemasta liikenneonnettomuudessa.

Sepolle järjestettiin muistopalvelus 17.11.1992 klo 11 ensin Pärnun Elisabetin kirkossa ja sen jälkeen klo 15 Tallinnan tuomiokirkossa, johon palvelukseen kokoontuivat Eestin kirkon kaikki papit saattamaan rakasta ja kunnioitettua opettajaansa Seppoa hänen viimeiselle matkalleen Suomeen. Siunaus toimitettiin Suomessa kotiseurakunnan, Järvenpään kirkossa.

Arkkipiispa Jaan Kiivit luovutti järvenpääläis - unkarilaisen Vácin srk:n ystävyysryhmän vierailun yhteydessä Eestin kirkon ansiomitalin Heli Alajalle ja Orvokille tunnustuksena Sepon ja Orvokin työstä Eestin kirkon työntekijäkoulutuksen hyväksi: